Les origines de la Casa de Velázquez remontent au début du XXe siècle. En 1909 avait été ouverte à Madrid une École des hautes études hispaniques, création de l’université de Bordeaux, destinée à accueillir de jeunes chercheurs français. Dans le contexte de la Première guerre mondiale, le gouvernement français mobilisa intellectuels et artistes de renom au service d’une stratégie de rapprochement avec l’Espagne. En mai 1916, un voyage d’académiciens français fut décidé. Participait à cette mission, entre autres, Charles-Marie Widor, secrétaire perpétuel de l’Académie des beaux-arts. Ce dernier exprima le vœu, lors d’une conférence au cercle politique et littéraire de l’Ateneo, que des artistes français puissent compléter leur formation en Espagne.
Au terme d’une campagne menée par Pierre Paris (directeur de l’École des hautes études hispaniques et archéologue passionné par l’Espagne), avec le ferme appui de Charles-Marie Widor, le roi Alphonse XIII choisit un terrain de 20 000 m2 qui devait être cédé à la France en usufruit, par une loi de 1920, à condition qu’y fût construite une résidence pour de jeunes artistes et de jeunes chercheurs. On appellerait ce palais la Casa de Velázquez, peintre en vogue chez les académiciens des années 1920.
Les premiers bâtiments furent inaugurés en 1928 et l’ensemble terminé en 1935. La guerre civile espagnole éclata peu de temps après et la Casa de Velázquez fut bombardée et détruite les 19 et 20 novembre 1936. Les résidents émigrèrent au Maroc puis revinrent s’installer à Madrid en 1939 dans les locaux du Lycée français, puis, à partir de 1940, dans un hôtel particulier de la rue Serrano. Enfin, en 1959, au terme de quatre années de reconstruction, l’institution réintégra son site d’origine.
Entre temps, en 1943, elle passa sous la tutelle du ministère de l’Éducation nationale. En 2011 elle intègre le réseau des Ecoles Françaises à l'Etranger.
Depuis sa fondation, la Casa de Velázquez a été dirigée par Pierre Paris, François Dumas, Maurice Legendre, Henri Terrasse, François Chevalier, Didier Ozanam, Joseph Pérez, Jean Canavaggio, Gérard Chastagnaret, Jean-Pierre Étienvre et Michel Bertrand. Nancy Berthier en est la directrice depuis le 1er janvier 2022.
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